Pemerintahan Desa adalah penyelenggaran urusan pemerintahan oleh pemerintah Desa dan Badan Permusyawaratan Desa dalam mengatur dan mengurus kepentingan masyarakat setempat berdasarkan asal usul dan adat istiadat setempat yang diakui dan dihormati dalam Sistem Pemerintahan Negara Kesatuan Republik Indonesia.
Kantor Desa buka setiap hari kerja, sedangkan Balai Desa digunakan untuk Kegiatan pertemuan / rapat Desa. Adapun Desa tersebut telah mempunyai Lembaga Pemerintahan Desa dan Aparat Desa Jatijejer, kurang lengkap yaitu :
- Kepala Desa;
- Unsur staf terdiri dari Sekretaris Desa, Kepala Urusan KeuanganKepala Urusan Perencanaan dan Kepala Urusan Umum;
- Unsur Pelaksana Teknis Lapangan terdiri dari Kepala Seksi Pemerintahan, Kepala Seksi Pelayanan, Kepala Seksi Kesejahteraan Masyarakat;
- Unsur Pelaksana Kewilayahan terdiri dari Kepala-Kepala Dusun
Susunan Organisasi Pemerintah Desa JATIJEJER
Kepala Desa: AKHMAD MUJIONO
Sekretaris Desa: RENDY ALMAS DEWANSA S.H.
Kepala Seksi Pemerintahan: NOVA SAPUTRA
Kepala Seksi Pelayanan : IMAM MA'SHUM
Kepala Seksi Kesra: IMRON FATKHURI
Kepala Urusan Keuangan: SITI FATIMAH
Kepala Urusan Perencanaan: BENI KUSUMA IRAWAN
Kepala Urusan Umum: MUKAHAR
Kepala Dusun Jatijejer; FARIDATUL JANNAH
Kepala dusun Tangkep : KOSIM
Kepala Dusun Urung-urung : KHOIRUL HUDA
